Małopolski Instytut Kultury od kwietnia 2013 roku współpracuje z Galerią Sztuki Współczesnej Bunkier Sztuki. Celem Bunkra Sztuki jest opracowanie długofalowego planu rozwoju instytucji. W proces tworzenia strategii został zaangażowany cały Zespół i Dyrekcja Bunkra Sztuki, a Małopolski Instytut Kultury facylituje proces planowania strategicznego.

Dotychczasowa współpraca obejmowała diagnozę strategiczną instytucji, zwłaszcza identyfikację silnych i słabych stron organizacji oraz analizę relacji z otoczeniem. Diagnoza strategiczna została przeprowadzona w oparciu o wiedzę, doświadczenia i spostrzeżenia wszystkich pracowników instytucji. Weryfikacji poddano również obecną misję organizacji oraz jej aktualność w odniesieniu do przyjętej perspektywy rozwoju (2018 rok). Kolejnym etapem prac było wyłonienie kluczowych obszarów rozwoju oraz sformułowanie celów strategicznych Bunkra Sztuki. Obecnie trwają prace nad dokumentem: „Plan rozwoju Galerii Sztuki Współczesnej Bunkier Sztuki na lata 2013–2018”, które są prowadzone przez kilkuosobowy zespół redakcyjny. Sesje robocze zespołu Bunkra Sztuki oraz obecne prace redakcyjne są wspierane przez Annę Miodyńską i Sebastiana Wacięgę z Małopolskiego Instytutu Kultury.